טיפול שורש נעשה במספר שלבים ודורש לא פעם מספר טיפולים ולא רק טיפול אחד. בשלב הראשוני בטיפול שורש פותחים את השן ומסלקים את העששת, לאחר מכן מנקים את תעלות השורש ומסלקים את רקמת המוך ורק לאחר מכן, שהעששת טופלה, ממלאים את השן בחומר מיוחד הסותם אותה. היות ומדובר בהליך מורכב יותר מסתימה רגילה, ישנם רופאי שיניים אשר יעדיפו למצות כל אפשרות אחרת, בעיקר בהיעדר ממצאים רפואיים תומכים. במקרים אילו יכול רופא השיניים לטפל בשם באמצעות הסרת העששת, ללא טיפול שורש מלא.טיפול שורש הינו טיפול שיניים פולשני ולא נעים ולכן ברוב המקרים יבצע אותו רופא השיניים כשהמטופל קיבל הרדמה מקומית. במקרים בהם השן איבדה כל תחושה וחיוניות, ניתן לבצע את טיפול השורש ללא הרדמה היות והעצבים שבשן ניזוקו.
סוגי שיניים ומיקומם בפה ניתן לקבועה כמה שורשים יש בשן ועל פי זה כמה תעלות יש בשן .
למשל בשיניים אחוריות יש 3 שורשים ובהם שלושה תעלות,ובשיניים קידמיות שורש אחד ותעלה אחד והם בדרך כלל יותר קלים לטיפול .
אחרי ביצוע סתימת שורש יכול לגרום לאי נוחות וכאבים בנקישות על שיניים שעברו טיפול שורש ,אבל זה עובר אחרי יום יומים.
לאחר טיפול שורש עלינו לשקם את השן באמצעות מבנה עם או בלי כתר. תפקידו של המבנה הינו הגנה על השן שטופלה בפני עששת. כאשר אנו שמים כתר על שן שעברה טיפול שורש, הכתר מגן לא רק בפני עששת, אלא גם מפני שבירה של קיר השן, היות וטיפול שורש מותיר אותו ללא תמיכה